In Memoriam Amrapali Zaveri

Amrapali Zaveri is na een zeer kortstondig ziekbed overleden op 24 januari 2020. Amrapali was postdoc bij het Institute of Data Science. Haar collega’s en vrienden in Maastricht en wereldwijd zijn geschokt en immens bedroefd vanwege het plotseling overlijden van hun geliefde en inspirerende vriendin en collega. 

Amrapali Zaveri, geboren en getogen te Pune, India, in 1984, behaalde haar Bachelor of Science in Zoölogie van Fergussen College in 2005. Ze vervolgde haar academische carrière met een master opleiding in Bioinformatics aan de Sikkim Manipal University, waar ze in 2007 haar diploma behaalde. Ze werkte van 2009 tot 2010 als onderzoeksassistente in Singapore bij het National Neuroscience Institute. Hier kwam ze in aanraking met data science technieken waar ze later veel mee zou werken zoals ontologieën, Semantic Web en linked data. 

In 2010 begon Amrapali aan haar PhD aan de universiteit van Leipzig bij de onderzoeksgroep genaamd Agile Knowledge Engineering and Semantic Web. Haar onderzoek was gericht op het gebruiken van linked data voor toepassingen in de geneeskunde, onderwijs en economisch onderzoek. Na het behalen van haar PhD in 2015, vertrok zij naar Stanford University om als postdoc te werken bij het Stanford Center for Biomedical Informatics Research. Daar werkte zij samen met Prof. Michel Dumontier met wie zij later naar Maastricht zou komen om samen het Institute of Data Science op te zetten. In november 2019 ging een lang gekoesterde wens van haar in vervulling en accepteerde zij per maart, een assistent professor positie aan de Universiteit van Amsterdam bij het Intelligent Data Engineering Lab, onder leiding van Prof. Paul Groth. 

Amrapali richtte zich met haar onderzoek op het verbeteren van datakwaliteit. Zij pionierde met haar onderzoek naar ‘de optimale combinatie tussen mens en machine’ om de kwaliteit van data te beoordelen en te verbeteren. Zij was ervan overtuigd dat wij onze kennis zouden kunnen uitbreiden wanneer we gebruik maken van kunstmatige intelligentie (Artificial Intelligence, AI). Zij zag als geen ander in dat goede datakwaliteit een vereiste is om AI te gebruiken. Om de datakwaliteit te optimaliseren maakte ze gebruik van crowdsourcing waarbij een ieder, zonder dat domeinkennis vereist is, een beoordeling maakt over de correctheid van de data. AI Algoritmes maken vervolgens gebruik van deze verbeterde data om betere voorspellingen te kunnen doen. Amrapali’s bijdrage ligt in de analyse en voorspelling van hoeveel mensen er nodig zijn om tot de beste kwaliteit data te komen, gegeven limiterende condities zoals tijd en geld. Rondom dit onderzoeksthema lopen nog verschillende projecten zoals het simuleren van ‘crowdgedrag’ (lees meer hier). Een ander project richtte zich op het annoteren van CT-scan beelden om long kanker tumoren te detecteren (lees meer hier).  Haar onderzoek beloofde grote impact te hebben op vele onderzoeksgebieden binnen de geneeskunde, bedrijfsleven en de ontwikkeling van machine learning. Meer informatie over Amrapali’s onderzoek is onder andere te vinden in dit artikel van de Observant.   

Amrapali was zeer actief op sociale media. Zo deelde ze haar persoonlijke hoogtepunten met een wereldwijd netwerk, bijvoorbeeld via Instagram over de ontmoeting met Internet oprichter Tim Berners-Lee in 2018. Ze gebruikte deze media ook voor het aankondigen en de promotie van de vele evenementen die ze organiseerde, zoals de Women in Data Science conferentie wat binnenkort zal plaatsvinden. Naast evenementen organiseren, begeleidde ze ook vele bachelor, master, en PhD studenten, en menig collega heeft haar om feedback gevraagd op papers, onderzoeksvoorstellen, en promotieteksten. 

Een van haar wetenschappelijke hoogtepunten was het ontvangen van de ‘Best In-Use Paper Award’ tijdens de ‘Extended Semantic Web Conference’ in 2017. In december mocht ze haar Basiskwalificatie Onderwijs (BKO) in ontvangst nemen. Haar vertrek naar Amsterdam zou ze nog groots met haar collega’s vieren. 

We zullen Amrapali herinneren om haar stralende persoonlijkheid, uitmuntende organisatietalent en haar liefde voor koffie en heerlijk eten. Hoewel ze met twinkelende ogen maar al te graag de strijd met Michel Dumontier aanging over wie het meest pittig kon eten, is het voor een ieder duidelijk dat zij dit zou winnen. 

Amrapali hield van reizen in de natuur. Haar favoriete ‘out-of-office’ antwoord was dan ook dat ze ‘one with Nature’ was en dus tijdelijk niet online bereikbaar -- en iedereen wist dat ze de vakantie dan zeer verdiend had.   

Je kunt een bericht achterlaten op haar condoleancepagina.

 

Recente publicaties:

• Zaveri, A., Hu, W., Dumontier, M.: MetaCrowd: Crowdsourcing Biomedical Metadata Quality Assessment. Human Computation Journal. To appear (2019).
• Hassan M., Zaveri A., Lehmann, J: A linked open data representation of patents registered in the US from 2005-2017. Scientific Data volume 5, Article number: 180279 (2018).
• Zaveri, A., Kontokostas, D., Hellmann, S., Umbrich, J.: Quality management of semantic web assets (data, services and systems). Semantic Web 9(1), 1 –2 (), DOI:10.3233/SW-170287 (2018).
• Acosta, M., Zaveri, A., Simperl, E., Kontokostas, D., Flöck, F., Lehmann, J. Detecting Linked Data quality issues via crowdsourcing: A DBpedia study. Semantic Web Journal 9(3), 303-335 IOS Press (2018).
• Hu, W., Zaveri, A., Qiu, H., Dumontier, M.: Cleaning by clustering: methodology for addressing data quality issues in biomedical metadata. BMC Bioinformatics 18(1), 415. DOI:10.1186/s12859-017-1832-4 (2017).
• Nelson, S.J., Oprea, T.I., Ursu, O., Bologa, C.G., Zaveri, A., Holmes, J., Yang, J.J., Mathias, S.L., Mani, S., Tuttle, M.S., Dumontier, M.: Formalizing drug indications on the road to therapeutic intent. Journal of the American Medical Informatics Association 24(6), 1169–1172. DOI:10.1093/jamia/ocx064 (2017).
• Zaveri, A., Ertaylan, G.: Linked data for life sciences. Algorithms 10(4), 126. DOI:10.3390/a10040126 (2017).