De zestienjarige Kaito woont met zijn alleenstaande moeder op een subtropisch Japans eiland. 

Op het moment dat tussen hem en zijn klasgenote Kyoko een prille romance opbloeit, vindt hij in zee een dode, getatoeëerde man. Of de man is vermoord of niet, is niet van grote betekenis. De film gaat veel meer over belangrijke levensvragen en over de dood.

Kaito's vader, gescheiden van zijn gezin, woont in Tokyo waar Kaito hem soms gaat opzoeken. Isa, de moeder van Kyoko, is terminaal ziek en komt op zeker moment naar huis om te sterven. 
Beide tieners zoeken naar de betekenis van hun leven, de liefde en de onoverkomelijke dood, waarbij een grote rol is weggelegd voor de helende kracht van de natuur, spirituele traditionele gebruiken en oude mannen met wijze uitspraken.