Bernet Elzinga en haar groep doen onderzoek naar de invloed van trauma en stress op affectieve, sociale en cognitieve functies in de context van stress-gerelateerde stoornissen, waaronder depressie en angst. Intergenerationeel onderzoek heeft haar speciale interesse, vooral de communicatie tussen ouders en kinderen en factoren die kunnen bijdragen aan het verminderen van de negatieve gevolgen van trauma of stress. Met haar interdisciplinair onderzoek integreert ze epidemiologisch onderzoek, neuro-imaging, gedragsobservaties en rapportages van gedrag en gevoelens in het dagelijks leven (met behulp van elektronische dagboeken). Ook is ze betrokken bij de ontwikkeling van interventies voor ouders van jongeren met depressieve klachten.